Pengembangan kelembagaan sebuah keniscayaan terlebih kemajuan zaman serta tuntutan era globalisasi-informasi tidak dapat dibendung apa lagi memiliki lokal area strategis seperti keberadaan UIN Mataram yang sebelum bertansformasi STAIN atau IAIN Mataram berada pada kawasan yang diapit oleh wilayah sebelah timur Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT) dengan masyarakat mayoritas Nasrani dan dari sebelah barat provinsi Bali dengan masyarakat mayoritas Hindu, sehingga dirasakan sangat strategis dan perlu diadakan penataan serta pengembangan kelembagaan.
Realistas tersebut menjadi motivasi perkembangan lembaga terbukti dari keberhasilan konversi lembaga dari STAIN, IAIN kemudian menjadi UIN Mataram setelah memperoleh Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 91 Tahun 2004, Tanggal 18 Oktober 2004 dan diresmikan oleh Menteri Agama RI pada hari Senin tanggal 11 Juli 2005 tentang: “Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Sultan Maulana Hasanuddin Banten Serang menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sultan Maulana Hasanuddin Banten, Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Mataram menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Mataram dan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Sultan Amai Gorontalo menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sultan Amai Gorontalo. Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Mataram resmi beralih status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Mataram berdasarkan Peraturan Presiden (Perpres) bersama lima IAIN lainnya di Indonesia. Sabtu, 8 April 2017 Status perubahan IAIN ke UIN Perpresnya di tandatangani oleh Presiden Joko Widodo dan Rektor Prof. Dr. H. Mutawalli, M.Ag dan berdasar pada Statuta UIN Mataram.
Diantara konsekuesi transformasi lembaga tersebut yaitu pengembangan program studi, dengan semangan ini lahirlah Program Studi Doktor Studi Islam/ S3 SI (Islamic Studies) yang merupakan salah satu program studi yang berada di bawah naungan Pascasarjana UIN Mataram.
Program studi SI (Studi Islam) merupakan salah satu prodi termuda di lingkungan pascasarjana Universitas Islam Negeri Mataram. Program Studi Doktor Studi Islam (S3 SI) di Universitas Islam Negeri (UIN) Mataram resmi dibuka sesuai dengan KMA izin penyelenggara program studi nomor B-557/DJ.I/Dt.I.III/HM.01./07/2024. KMA tersebut merujuk pada surat direktur dewan ekskutiv BAN PT Nomor 589/BAN-PT/LL/2024 tanggal 27 Maret tentang pemenuhan Syarat Minimum Akreditasi. Prodi Studi Islam resmi melakukan penerimaan mahasiswa baru sejak ada surat keputuasan Menteri Agama nomor 513 tahun 2024 tentang izin penyelenggara program studi studi Islam untuk program Doktor pada Universitas Islam Negerin Mataram. Sebagai bagian dari unit yang memiliki fungsi akademik dan manajerial Prodi Studi Islam diperkuat oleh sturktur organisasi sebagai pengelola tugas dan fungsi program studi. Untuk itu dingkat ketua program studi dan sekertaris program studi serta dosen home base program studi sebagaimana SK nomor 2621 tahun 2024 tentang pengangkatan ketu dan sekertaris program studi Doktor Studi Islam Universitas Islam Negeri Mataram periode 2024-2025.
Sejak pendiriannya, Program Studi doctor (S3) Studi Islam UIN Mataram kemudian dikenal dengan sebutan Prodi SI atau studi Islam. Program ini bertujuan untuk mengembangkan kajian keislaman multidisipliner, interdispliner dan transdisipliner di tingkat pascasarjana dengan menyiapkan lulusan yang memiliki kemampuan akademik yang tinggi dalam bidang kajian keislaman. Berdasarkan izin operasional sebagaimana yang disebutkan sebelumnya, program studi ini mulai menerima mahasiswa dan mengadakan perkuliahan pertama kali pada bulan Juli 2024. Meskipun Prodi baru, prodi SI telah menarik banyak peminat dan antusias calon mahasiswa baru. Hal ini dilihat jumlah mahasiswa baru prodi SI pada Angkatan pertama sejumlah 36 dengan sebaran menjadi 2 kelas. Prodi SI sejak awal berhajat untuk melayani kebutuhan program doctor dari berbagai latar belakang pendidik yang beragam. Sehingga prodi SI menerima calon mahasiswa baru dari semua latar belakang pendidikan yang berbeda.