Program Studi Doktor (S3) Studi Islam sedang berupaya meningkatkan kualitas dan status, baik bidang akademik maupun administratif dan berusaha mendapatkan pengakuan nasional maupun internasional. Pada tingkat nasional, Prodi S3 Studi Islam telah terakreditasi sementara berdasarkan Surat BAN-PT dan sedang proses pengajuan akreditasi menuju Unggul.